লুৎফুজ্জামান বাবরের বিরুদ্ধে ২০০৭ সালে গুলশান থানায় অবৈধ অস্ত্র রাখার অভিযোগে মামলা দায়ের করা হয়েছিল। বিচারিক আদালতে তিনি ১৭ বছরের কারাদণ্ড পান, যা পরে হাইকোর্টে আপিলের মাধ্যমে খালাস হয়ে যায়। হাইকোর্টের রায়ে মামলার প্রক্রিয়াগত ত্রুটি এবং প্রমাণের অভাব তুলে ধরা হয়েছিল।হাইকোর্ট সাবেক স্বরাষ্ট্র প্রতিমন্ত্রী লুৎফুজ্জামান বাবরের বিরুদ্ধে ১৭ বছরের কারাদণ্ডকে অবৈধ ঘোষণা করে তাকে খালাস দিয়েছেন। এই রায়টি বিচারপতি মোস্তফা জামান ইসলাম ও বিচারপতি নাসরিন আক্তারের বেঞ্চ থেকে এসেছে। আইনজীবী শিশির মনির জানান, গ্রেপ্তারের ৭দিন পর এ মামলা দেওয়া হয়। অভিযোগে বলা হয়, ৪টি অস্ত্র উদ্ধার করা হয়। এর মধ্যে বাবরের স্ত্রী একটি রিভলবারের লাইসেন্স দেখাতে পারেননি। ২০ দিন পর মামলার চার্জশিট দাখিল করেন। আর ১৪ জন সাক্ষীর সাক্ষ্য নিয়ে ৩০ অক্টোবর রায় দেন। শিশির মনিরের মতে, গ্রেপ্তারের ৭ দিন পর উদ্দেশ্যেমূলকভাবে এ মামলা দায়ের করা হয়। বলা হয়েছে, লাল-কালো ব্যাগ থেকে অস্ত্র উদ্ধার করা হয়েছে। কিন্তু জব্দ তালিকায় সেই ব্যাগ ছিল না। যেই জিডিমূলে তাকে (বাবর) গ্রেপ্তার করা হয়েছে, সেই জিডি আদালতে উপস্থাপন করা হয়নি। ঘটনার দিনের সিসিটিভি ফুটেজ উপস্থাপনের আবেদন জানালেও সেটি মঞ্জুর করা হয়নি। এছাড়া মামলার নিরপেক্ষ দুই জন সাক্ষী (দারোয়ান এবং ওয়েল্ডিং মিস্ত্রি) বলেছে, তাদের সামনে জব্দ করা হয়নি। শুধু তাদের সাক্ষ্য নেওয়া হয়েছে। সেনা সমর্থিত সাবেক তত্ত্বাবধায়ক সরকারের সময় ২০০৭ সালের ২৮ মে আটক হন লুৎফুজ্জামান বাবর। সেই থেকে প্রায় ১৭ বছর কারাবন্দি ছিলেন বিএনপির এই নেতা। এরপর বিভিন্ন মামলায় তার দণ্ড হয়। সেই সব মামলা থেকে খালাস ও জামিনের পর ১৬ জানুয়ারি ঢাকা কেন্দ্রীয় কারাগার থেকে মুক্ত হন তিনি।
